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我院前身為“中山醫(yī)科大學(xué)深圳醫(yī)療中心”，于1986年應(yīng)深圳市政府邀請(qǐng)，由原中山醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院在深創(chuàng)建，醫(yī)院創(chuàng)始人為著名的泌尿外科學(xué)泰斗梅驊教授。1997年醫(yī)院更名為“中山醫(yī)科大學(xué)深圳泌尿外科醫(yī)院”，并創(chuàng)建了深圳市第一家生殖醫(yī)學(xué)中心。2003年更名為“深圳中山泌尿外科醫(yī)院”。 長(zhǎng)期與中山大學(xué)合作，使我院成為“中山大學(xué)附屬一院深圳院區(qū)”。
建院27年來(lái)，在本院資深專(zhuān)家團(tuán)隊(duì)及中山大學(xué)專(zhuān)家教授的帶領(lǐng)下，以精湛的醫(yī)療技術(shù)和高質(zhì)量的醫(yī)療服務(wù)多次贏得媒體“教授醫(yī)院”的美譽(yù)。醫(yī)院以“泌尿外科”和“生殖醫(yī)學(xué)”為重點(diǎn)的專(zhuān)科醫(yī)院。2011年我院“泌尿外科”、“生殖實(shí)驗(yàn)室”被評(píng)為深圳市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科（群）；同年，由我院泌尿外科牽頭組建了深圳市小兒泌尿外科學(xué)組，生殖醫(yī)學(xué)中心獲批設(shè)立深圳市博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地；2012年經(jīng)深圳市科技創(chuàng)新委員會(huì)批準(zhǔn)，在我院設(shè)立“深圳市圍著床期生殖免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”。醫(yī)院連續(xù)六年榮獲深圳市醫(yī)保信用等級(jí)AAA單位。
醫(yī)院擁有醫(yī)護(hù)人員246人，其中高級(jí)職稱(chēng)及碩博士48人。2013年度總收入為1.95億元、門(mén)診量25萬(wàn)余人次、手術(shù)量近8000例；擁有科研設(shè)備價(jià)值近5200萬(wàn)元。近年累計(jì)獲批省市科研課題共19項(xiàng)、發(fā)表論文100余篇（其中SCI論文15篇）、獲批國(guó)家專(zhuān)利11項(xiàng)。
我院泌尿外科不斷完善“專(zhuān)科體系”建設(shè)，被評(píng)為深圳市重點(diǎn)學(xué)科（優(yōu)勢(shì)學(xué)科群），成立了尿石癥實(shí)驗(yàn)室, 成為民營(yíng)醫(yī)院改革中的典范。著重在泌尿生殖腫瘤、小兒泌尿、女性泌尿、泌尿結(jié)石、男科病等重點(diǎn)領(lǐng)域里不斷加大學(xué)科建設(shè)與科研創(chuàng)新，力爭(zhēng)達(dá)到國(guó)內(nèi)領(lǐng)先水平。
生殖醫(yī)學(xué)中心為院重點(diǎn)科室，由三個(gè)部門(mén)組成：“生殖助孕中心”、“復(fù)發(fā)性流產(chǎn)及反復(fù)胚胎種植失敗診療中心”及“生殖與遺傳研究所(生殖實(shí)驗(yàn)室)”。醫(yī)院生殖醫(yī)學(xué)中心為深圳市規(guī)模最大的中心，每年開(kāi)展“試管嬰兒”周期4000例以上。
醫(yī)院堅(jiān)持“以人為本、熱忱服務(wù)、堅(jiān)守誠(chéng)信、開(kāi)拓進(jìn)取”的辦院宗旨，重點(diǎn)建設(shè)“泌尿外科、生殖醫(yī)學(xué)”兩個(gè)專(zhuān)科，及與其密切相關(guān)的男科和婦產(chǎn)科，以“大專(zhuān)科、小綜合”的模式發(fā)展醫(yī)院。